Le cas Bérenger est l’affaire la plus révélatrice des relations entre les étudiants et la ville, mais également entre la royauté et l’université.
L’affaire Aymery Bérenger, débutant en 1339, survient à cause d’une rixe entre les écuyers d’étudiants de l’université de Toulouse et un capitoul entouré de ses gardes. Les écuyers, ayant sûrement bu, dérangeaient toute la ville en faisant énormément de bruit. C’est à ce moment-là que le capitoul intervint pour tenter de les calmer et restaurer l’ordre dans la ville. Néanmoins, c’est l’inverse qui se produit puisque l’intervention du capitoul dégénéra rapidement en bagarre entre les deux parties qui étaient armées. Pendant le combat, François de Gaure, le capitoul, fut blessé au visage par un écuyer, sans doute Aymery Bérenger.
Suite à cela, les écuyers s’enfuirent et furent traqués jusqu’à leur hôtel où ils furent arrêtés. Bien qu’ils ne fussent pas étudiants, les écuyers bénéficièrent des mêmes privilèges. Ainsi, grâce à leurs privilèges, ils furent presque tous relâchés et laissés aux mains de la justice ecclésiastique. Seul Aymery Bérenger ne bénéficia pas de la justice ecclésiastique car son statut clérical avait été mis en doute. Ce dernier fut torturé, condamné et exécuté en étant traîné derrière un cheval dans toute la ville, le poing coupé et pour finir, décapité.
La violence de cette condamnation met en avant la tension entre la ville et les étudiants de l’université qui ont été privés de leurs droits et de leurs privilèges. Après cette attaque envers ses occupants, l’université se bâtit pour obtenir gain de cause en écrivant au pape Jean XXII, en portant plainte auprès du procureur général du roi à Toulouse et en ralliant la famille de l’écuyer qui porta plainte à son tour. Finalement, c’est l’université qui obtint gain de cause en contraignant la ville à payer une amende de 50 000 livres tournois. Par ailleurs, la ville dut également dissoudre le capitoulat ainsi que construire un collège pour les étudiants.