La Révolution ayant supprimé les institutions académiques, dont la faculté de médecine, Toulouse se retrouve sans structure d’enseignement médical. L’École impériale de médecine et de chirurgie est créée le 1er mai 1806. Elle devient « royale » sous la Restauration puis École secondaire de médecine et de pharmacie entre 1820 et 1840. En 1840, elle se transforme en École préparatoire de médecine et de pharmacie.