La faculté mixte de médecine et de pharmacie est créée par décret le 6 mars 1891 et  inaugurée le 20 mai 1891 en présence du président de la République Sadi Carnot. Elle devient faculté d’État le 4 avril 1903. Elle loge aux allées Jules Guesde. En 1968, elle est divisée en plusieurs UER (Unités d’enseignement et de recherche, ancêtres des actuels UFR) :

• une UER médicale à Purpan,
• une UER médicale à Rangueil,
• une UER de pharmacie,
• une UER de chirurgie dentaire
• et une école de masso-kinésithérapie

Ces  5 entités sont rattachées à la nouvelle Université Paul Sabatier créée en 1970 dans le sillage de la loi Faure qui demande la mise en place d’universités pluridisciplinaires. la faculté de médecine n’obtient pas d’université spécifique.