L’instauration du régime de Vichy, en juillet 1940, change durablement le sort des internés juifs. La politique anti-juive de l’État français impose de nombreuses restrictions aux œuvres humanitaires. L’Allemagne dispose également d’un droit de regard sur toutes les informations détenues dans les camps de la Zone Sud concernant les internés allemands. Les internés juifs des camps du Sud-Ouest sont majoritairement des ressortissants allemands. Vichy met en place une politique de contrôle accablante pour les œuvres. Celles-ci sont forcées d’agir dans la transparence et donc de divulguer les informations concernant le personnel des œuvres et les enfants pris en charge par les associations. Les rafles d’août 1942 orchestrées par les autorités françaises rendent l’action des organismes difficile. Le personnel juif des œuvres est progressivement interdit de pénétrer dans les camps d’internement. Le docteur Kapel, médecin de l’Oeuvre de secours aux enfants est une de ces victimes du rejet de la part des administrations, des camps et du gouvernement français. Les rabbins ne peuvent plus exercer leurs fonctions d’aumôniers dans les camps à partir de 1943. Les œuvres juives sont donc contraintes d’engager du personnel non juif.
Les juifs autrefois en sécurité au sein des structures d’accueil d’enfants sont plus que jamais en danger. Il ne s’agit plus seulement de les accueillir mais de les mettre en sécurité contre d’éventuelles manœuvres de persécutions de la part de l’État français ou des Allemands présents en Zone Sud depuis le franchissement de la ligne de démarcation en novembre 1942.
Face à la menace grandissante, les œuvres mènent leurs actions dans l’illégalité la plus totale. La priorité se trouve dans la nécessité de fausser l’identité des individus juifs (personnel et enfants), c’est la raison pour laquelle de véritables « usines » d’élaboration de faux papiers sont mises en place. Les principaux falsificateurs de papiers d’identité sont les Éclaireurs israélites de France qui organisent le réseau de résistance juive appelé «La Sixième ».
L’OSE met en place un réseau clandestin d’évacuation des enfants, le réseau Garel du nom de son fondateur. Ce système se divise en deux branches : l’une a pour mission de répondre aux besoins des enfants en biens de première nécessité et de les maintenir en contact avec leurs familles. L’autre branche se charge de leur fournir des papiers d’identité et de les évacuer vers des lieux plus sûrs (généralement en Suisse) où ils ne peuvent craindre les contrôles de police et les descentes dans les locaux des œuvres. En dernier recours, les organismes font appel à des filiales humanitaires étrangères pour assurer l’accueil des juifs évacués de France. Quelques centaines d’enfants émigrent ainsi vers les États-Unis grâce à l’action acharnée de la HICEM (Société d’aide aux immigrants juifs) qui leur obtient des visas. Le bilan du réseau Garel à la fin de la guerre est flatteur puisque 1600 enfants ont pu être sauvés entre sa mise en place en décembre 1942 et la Libération.