Après l’épisode de la Retirada et du gouvernement Daladier, la déclaration de guerre en septembre 1939 engendre un changement de la politique d’internement et du profil des prisonniers. A partir de la  « drôle de guerre » et jusqu’à la défaite de la France, la politique d’internement passe de l’instabilité à une stabilité qui apparaîtra sous Vichy.

Juste avant la déclaration de guerre, les réfugiés espagnols présent dans les camps ne sont pas nombreux. En effet, le gouvernement français, pour tirer un trait sur l’épisode marquant de l’internement, s’appuie sur le décret-loi du 2 avril 1939. Cela permet aux réfugiés de devenir des prestataires appartenant à des compagnies de travailleurs étrangers (CTE). Certains d’entre eux s’engagent aussi dans l’armée.

Peinture d’Henry Gowa représentant l’internement d’Autrichiens et d’allemands anti-nazis dans le camp de Saint-Nicolas dans le Gard en 1940.

Le 5 septembre 1939, quelques jours après la déclaration de guerre, entre en action le décret-loi du 30 août 1939. Ce texte prévoit en cas de conflit l’internement des étrangers masculins ressortissants de territoires appartenant à l’ennemi. Les réfugiés allemands ayant fui leur pays et le régime nazi sont donc internés. Les communistes sont eux aussi concernés par ce décret-loi, du fait de la signature du pacte Germano-soviétique, ils sont considérés comme des ennemis. Leur parti est dissous le 26 septembre 1939. S’ajoute à ce décret une extension pour interner les « suspects considérés comme dangereux pour la défense nationale et pour la sécurité publique » appliquée le 18 octobre de cette même année.

La « drôle de guerre » enclenche alors un mécanisme d’exclusion, d’arrestation et d’internement des étrangers et/ou réfugiés, ce qui concrétise la politique des années précédentes. Cela n’est que le début d’une situation qui continue et empire avec les événements de la défaite et de l’occupation.
Après la capitulation de la France, le statut des internés change. Suite à l’armistice qui prévoit le rapatriement par les Allemands de leurs ressortissants internés en France. Leur gouvernement envoie des officiers pour les récupérer. Sur leurs commissions figure le nom de leurs propres hommes, qu’ils soient des espions allemands ou des exilés politiques.

Pétain obtient les pleins pouvoirs le 10 juillet 1940. Au mois d’août de cette même année, il décide l’internement et l’exclusion des «indésirables» avec la dissolution des sociétés secrètes et l’arrestation de certains de leurs membres, en particulier les Franc-maçons désignés comme potentiel danger.
Durant le mois de septembre 1940, de nombreux décrets apparaissent. Ils renforcent l’internement des « individus dangereux pour la sécurité nationale », des personnalités politiques (gouvernement Daladier, membres du Front populaire qui sont considérés comme responsables de la défaite) et des ressortissants alliés tels que les habitants des pays membres du Commonwealth (9 septembre 1940). Avec l’internement des ressortissants anciennement alliés à la France et donc ennemis à l’Allemagne, les communistes, encore liés par le pacte Germano-soviétique, sont toujours arrêtés par le gouvernement français.

Par la suite, Pétain s’inspire des innovations de ses prédécesseurs pour promouvoir une vaste politique d’exclusion et d’internement administratif envers les Juifs et les étrangers.