Affaibli par cinq années de commandement dans l’Océan Indien et par l’éprouvante campagne militaire sur la côte Malabar, Lapérouse décida de passer un an à terre en Île de France. C’est durant cette période qu’il retrouva Éléonore Broudou et envisagea même un mariage avec elle, cependant, le refus de son père entrava cette alliance. Durant cette année, Lapérouse participa à la nette évolution de Port-Louis. Il contribua à la conception de cartes et de journaux. Lapérouse apporta également son aide dans la lecture des notes de commandants ou d’officiers. Avant son retour en métropole Lapérouse se vit attribuer une dernière mission à Madagascar, en tant que commandant de l’Iphigénie. Il dût accompagner le futur Gouverneur Général Bellecombe pour une expédition d’inspection à l’égard du baron Bényowsky qui avait la réputation d’y exercer une politique tyrannique.
L’intendant de l’île de France ne supportait plus la gestion financière du baron. Il décrivait sa capitale, Louisbourg, comme une ville en plein essor, or beaucoup disaient le contraire en affirmant y être passés et n’avoir vu qu’une sorte de camp sans aucune évolution positive. Lapérouse dût donc se rendre sur place pour faire un rapport sur la situation réelle du comptoir. Ainsi, le 17 septembre 1776, il débarqua à Foulointe, située dans la région de Tamatave, dans l’Est de l’île.
Carte et récit d’un voyage des vaisseaux du Roy L’Agréable et La Mutine aux Indes orientales et leur retour en France en 1701. Encre de Chine sur papier. Source.
Dans ce village Lapérouse se rendit compte que la population noire vivait dans la misère, que le commerce et les récoltes étaient déplorables et les hommes du corps de Bényowsky semblaient très affaiblis. Dans les jours qui suivirent, Lapérouse se rendit à Louisbourg, censé être le lieu que Bényowsky décrivait comme resplendissante dans ses rapports. La réalité était tout autre, les établissements étaient en friche. Lapérouse tomba sur une centaine d’européens qui faisaient partie de l’entourage du Baron, ceux-ci se trouvaient en très mauvais état. De plus la politique intérieure de Bényowsky laissait éclater les conflits entre les clans autochtones, ravageant les terres et menaçant la maîtrise du territoire. Suite à cela, Monsieur de Bellecombe commença à dresser un rapport catastrophique de la situation de l’île et des dangers qu’elle encourait. Ensuite Lapérouse alla à la baie d’Antongil, située au Nord de l’île, avec les deux navires. Il vit une population encore plus misérable qu’à Louisbourg. Suite à ça, il est rentré à l’Île de France, dresser un rapport de la situation au gouverneur de Ternay. Il mit 45 jours, au lieu d’une semaine, pour rejoindre sa destination, car sa coque était bien endommagée.
En février 1776, Lapérouse prépare son retour en France avec le chevalier de Ternay. Le 23 mai 1776, Lapérouse vendit son habitation du Mesnil. Durant cette période Éléonore Broudou et Lapérouse ne cessèrent de s’envoyer des lettres. Il lui aurait même demandé dans une de celles-ci de partir elle aussi pour la France. Car Lapérouse pense pouvoir changer la vision de sa famille envers mademoiselle Broudou. C’est un 16 décembre à bord de La Belle Poule que Lapérouse embarqua. Il fit halte à l’île Bourbon, qui était une escale traditionnelle, puis repartit en direction du Cap le premier janvier 1777. Le navire resta environ un mois ancré au Cap. Cette longue escale servit particulièrement pour consolider la coque. Le 26 février, la Belle poule, prit le large et arriva à Lorient le 7 mai 1777, suite à une courte escale à l’Ascension. Lapérouse se rendit à Paris le 15 mai où il reçut sont brevet de lieutenant de vaisseau.
Au regard de la durée de son séjour dans l’Océan Indien de 1772 à 1777, la carrière de l’enseigne de vaisseau Lapérouse dans cette région, apparaît comme une étape brève de sa carrière, d’autant plus brève si l’on compte les temps de trajets qui nous paraissent avec notre regard actuel démesurément longs. Mais il est indéniable que cet épisode maritime participe à parfaire sa formation de navigateur et auréole d’un succès militaire avec l’épisode de la défense de Mahé, sa jeune carrière. Son passage dans l’Océan Indien marquera sa vie personnelle par la rencontre de sa future épouse Éléonore Broudou, épisode très important pour le navigateur. Son retour en France et son envoi en Amérique pour soutenir l’action des insurgents contre la couronne britannique n’auront de cesse de confirmer son talent de marin et soldat dont le fait d’arme de la baie d’Hudson en est l’exemple le plus emblématique.