Après un périlleux voyage, les français réussirent à accoster le 8 août près du fort Prince of Wales. Lapérouse, après une évaluation de l’effectif adverse, envoya des chaloupes pour profiter de l’effet de surprise et ainsi éviter toutes confrontations aux canons. Cette décision fut un choix stratégique important, étant donné l’état d’épuisement de ses marins après la traversée et la recherche du détroit. Pour avoir un succès total, Lapérouse ordonna à Rostaing d’attaquer le fort, qui se rendit sans la moindre résistance. Cette victoire éclair permit de faire le plein de cargaison et s’attribuer les ressources anglaises, comme les nombreuses fourrures. Les prisonniers furent également enrôlés et traités comme des membres de l’équipage. Malgré cet accueil, il est intéressant de voir que ce nouvel équipage ne fit pas partager ses connaissances en cartographie avec le reste de la flotte française. L’équipage pu également se restaurer après des restrictions alimentaires éprouvées sur le navire, ainsi que de profiter de l’équipement anglais contre les températures basses. Après cette défaite anglaise, le général Samuel Hearne fût également bien traité ; il fût convié à un repas avec Lapérouse. Le rang de général octroie certains droits et devoirs mutuels, les généraux ne pouvant pas être mélangés avec les matelots. Ces deux personnes se lièrent d’une forte amitié, bien qu’ils soient dans deux camps opposés, à tel point que Lapérouse demanda des nouvelles de Hearne à la fin du conflit. La prise et la destruction du fort Prince of Wales dura trois jours. Le fort fut brûlé dans le but de mettre un terme au commerce anglais dans la région.
Le départ pour Fort York eut lieu le 11 août et le voyage dura environ une semaine.
Lapérouse n’arrivait pas à localiser le fameux fort depuis son bateau. Ne pouvant pas passer par des petits cours d’eau, il fût décidé avec La Jaille et Rostaing qu’ils allaient prendre des chaloupes afin de trouver le fort. Mais ils se retrouvèrent rapidement dans des marécages, ce qui rendit la navigation à la chaloupe et à la boussole compliquée. Ils se firent repérer par un navire à 36 canons qui ne les attaqua pas. Lapérouse ordonna immédiatement à De Langle d’attaquer, mais le navire ainsi que les forces en présence, avaient fuit. Certains des occupants s’étaient échappés dans les bois ou par la mer en profitant du brouillard de la région. Si ces hommes ont préféré la fuite à la bataille, c’est certainement à cause d’un manque de préparation. Les Anglais étaient sûrs que personne ne les attaqueraient dans la baie d’Hudson. Suite à ces événements Lapérouse, par altruisme ou par un grand humanisme, laissa des vivres pour les fuyards britanniques ainsi que des armes pour qu’ils puissent s’alimenter dans un climat hostile et se défendre contre les tribus sauvages et les bêtes. Il autorisa également, une fois arrivé sur l’île de la résolution, que les prisonniers du fort Prince of Wales puissent regagner leur pays.
On sait que le retour fût moins difficile que l’aller. Néanmoins, Lapérouse perdit de nombreux hommes suites aux maladies maritimes telles que le scorbut. Pour ces raisons, Lapérouse déposa des hommes de son équipage, ainsi que des Anglais à Cadix afin qu’ils puissent se reposer des épreuves qu’ils avaient traversés. L’humanisme du « Gentil Homme des mers » fait surface lorsqu’il décide, alors qu’il n’a ni l’ordre ni l’autorisation de sa hiérarchie, de laisser ses hommes et ses prisonniers se ressourcer dans la ville de Cadix.