A l’automne 1774, Lapérouse est mis sous les ordres du Gouverneur Général Law. Celui-ci demande à Lapérouse de se rendre sur la côte Malabar de l’Inde pour se diriger vers les nombreux comptoirs européens qui s’y trouvent (voir carte).
En premier lieu, Lapérouse se rend à Mongalore. C’est à cet endroit qu’il doit retrouver Hayder Ali Khan pour lui faire passer des armes. L’homme contrôle la région est un allié anti-britannique des Français. Il resta à Mongalore jusqu’au 15 décembre où lui et son équipage prirent part aux festivités en leur honneur. Lapérouse mit les voiles à bord de la Seine et il fit escale à Goa, possession portugaise, le 18 décembre. Après une semaine d’escale, Lapérouse et son équipage reprirent la mer en direction de Surate dans l’Ouest de l’Inde.
Le 5 janvier 1775, Lapérouse, à bord de la Seine, navigue vers Surate lorsqu’il croise une flotte d’une trentaine de vaisseaux pirates Marhattes. Lapérouse décide alors de faire route en direction des pirates, espérant que cette manœuvre les déstabilisera. Ce choix audacieux paya car les pirates, aidés par un vent favorable, prirent la fuite. Dans une lettre qui l’écrivit à sa sœur il sembla déplorer la fuite de ces pirates en affirmant que son équipage n’était pas effrayé par le nombre de voiles Marhattes et que le vent avait été un allié redoutable dans la fuite de ceux-ci. Après ce périple, il prit la route du comptoir de Mahé situé sur la côte Malabar.
En arrivant à Mahé à la fin février 1775, Lapérouse trouve le comptoir en état de siège. En effet, Mahé se trouve assiégé par les troupes indiennes du Prince Chiriquel, composées de dix mille hommes, dont quatre mille hommes appartenant à Hayder-Ali-Khan qui est pourtant un allié des Français. Lapérouse est confronté à une situation périlleuse car, sans compter les dix mille indiens qui assiègent le comptoir, celui-ci est dans un mauvais état, mal fortifié. En prime , son gouverneur, Monsieur de Repentigny, souffrant d’une paralysie touchant la moitié de son corps est inapte aux combats. La garnison de Mahé se compose de deux cents soldats noirs, de soixante européens, des matelots de Lapérouse, des matelots du Trois amis et de quelques pièces d’artillerie. De plus Lapérouse savait que cette position française ne devait en aucun cas disparaître compte tenu des nombreux comptoirs européens se situant dans la région.
Le premier soir du conflit, les indiens, ne sachant pas que Lapérouse était venu renforcer Mahé avec ses hommes, se lancèrent à l’assaut du comptoir. Les Indiens furent repoussés par les deux canons qu’avait placés Lapérouse. Dans les jours qui suivirent, les fortifications de Mahé devinrent l’objectif principal du Prince Chiriquel. Durant le second assaut, les pertes indiennes étaient encore plus importantes, les soldats eurent même l’occasion de contre-attaquer pour poursuivre les fuyards. Ensuite, Lapérouse fit armer la galvette l’Expérience, qui était à Mahé, et commanda à M. de Closnard, qui faisait parti de son état major, d’aller intercepter des troupes indiennes à quelques jours de Mahé. Ces dernières disposaient de nombreuses provisions et devaient rejoindre le Prince Chiriquel. M. de Closnard remplit sa mission en détruisant les fortifications ennemis et en s’opposant au débarquement des provisions de riz du Prince Chiriquel.
En avril 1775, Mahé était toujours assiégé par les hommes du Prince Chiriquel. C’est alors que M. de Repentigny reçu une lettre du Gouverneur Law, où il était écrit que Hayder-Ali-Khan menaçait d’aller lui même attaquer Mahé. C’est ainsi que le 25 avril Lapérouse signa la paix avec le Prince Chiriquel et repartit le 28 avril pour l’île de France où il arriva en juin 1775 et où il resta près d’une année. Suite à ce beau fait d’armes Jean François Galaup de Lapérouse reçut la croix de Saint Louis.
[Dernières missions et temps du retour de 1775 à 1777]