Le Journal de Bord est un document administratif rédigé par les officiers supérieurs et par le pilote du navire, ainsi que par les experts de navigation. Selon l’ordonnance de la marine de mois d’août 1681, il est obligatoire de tenir un journal de bord. Initialement, il doit être composé de deux registres : Sur le premier devaient figurer les changements de route, le moment de ces changements ainsi que les relevés météorologiques et terrestres ; et sur le second devaient figurer, par intervalles de vingt-quatre heures, des compte rendus simplifiés des routes, des caps ainsi que les observations faites au cours de la navigation. Cependant, uniquement le premier registre est tenu.
« A mon sens, écrire un voyage c’est faire le portrait des pays que l’on parcourt et le narrateur n’a pas le droit de les rendre méconnaissables »
Léonie d’Aunet
Grâce à ces écrits, l’expédition a confirmé les coordonnées géographiques de certaines îles ou détroits qui ont été relevés au cours de précédentes expéditions, notamment dans l’océan pacifique. De plus, Lapérouse écrit : « les navigateurs modernes n’ont pour objet, en décrivant les mœurs des peuples nouveaux, que de compléter l’Histoire de l’Homme ». C’est ainsi qu’il s’inscrit dans une nouvelle ère de l’expédition.
Au cours de ce voyage, Lapérouse rencontre des indigènes et retranscrit ces rencontres dans son journal. C’est ainsi que l’on apprend qu’il y a eu des vols de leur part, ce qui a freiné le travail des savants, mais aussi qu’il n’y a pas eu de conflit important entre les indigènes et les Européens. Lapérouse confie : « chaque jour nous avions à nous plaindre, quoique notre conduite à leur égard ne soit jamais démentie, et que nous n’ayons pas cessé de leur donner des preuves de douleurs et de bienveillance ».
La vie à bord est aussi relatée dans le journal de Lapérouse, qui contient un bon nombre d’éléments sur la santé de l’équipage, sur le déroulement du quotidien à bord ainsi que sur les moyens mis en place pour lutter contre les maladies.