Nous l’avons donc vu dans la première partie de notre développement, la Révolution industrielle a considérablement accéléré l’essor du vignoble. Mais les vignerons français et notamment gaillacois vont devoir affronter dans ce XIXe siècle d’importants fléaux qui vont régulièrement ravager le vignoble. On peut tout d’abord penser à la pyrale, qui sont des chenilles qui se développent dans les vignes et qui en dévorent les feuilles. Mais un autre insecte bien plus redoutable va faire son apparition dans le vignoble : le phylloxéra, il s’agit d’un puceron qui se développe sur les feuilles et dans les racines de la vigne. Il apparaît vers les années 1870 ou plus précisément en 1865. C’est cette année-là que quelques pieds de vignes se dessèchent mystérieusement dans le midi de la France avant que des professeurs identifient le puceron qui proviendrait d’Amérique. Le phylloxéra, qui vit sur les feuilles de la vigne, possède un cycle biologique complexe. Il procède à différentes phases correspondant à l’évolution de générations successives. Certaines générations de puceron, appelées « radicicoles », se nichent à la racine de la vigne où elles créent des dégâts qui peuvent être mortels pour la plante, leurs piqûres entraînent alors le pourrissement des racines. Une autre génération a des ailes, appelée « ailé », ce qui lui permet de se propager sur de grandes distances et de causer des ravages à l’échelle de régions entières.
Ainsi, le phylloxéra est inarrêtable, alors que les vignobles français sont en plein essor avec notamment les chemins de fer ou les découvertes des techniques de vinification de Pasteur. Il va provoquer une catastrophe nationale qui va ruiner des régions entières et entraîner la quasi-disparition de la vigne.
Le phylloxéra apparaît dans le vignoble gaillacois en 1879 et plus particulièrement en 1884, ou ce dernier s’est répandu dans l’ensemble du vignoble. En effet, dans un premier temps, le vignoble de Gaillac fait de grands profits, il n’est pas touché au début de la maladie et profite provisoirement de la hausse des cours. Mais, en juin 1879, le maire d’Amarens signale les premiers cas : c’est le coup de massue pour les vignerons gaillacois. Dans le Tarn, sur les 60 000 hectares de vignes, 46 500 sont détruits. Le Gaillacois est alors tétanisé, la crise est forte mais, en plus de ravager le vignoble, cette maladie nuît qualitativement aux cépages du gaillacois. En effet, afin de palier à cette maladie et après de nombreuses tentatives telles que la submersion des vignes, de cultures dans le sable (sol peu apprécié par le phylloxéra, mais peu favorable à la production de raisin de qualité) puis d’injections de sulfure de carbone, on replante des pieds de vigne greffés à partir de pieds de vigne d’origine américaine, qui eux supportent le phylloxéra, mais qui en contrepartie n’offrent pas un rendu aussi qualitatif que ce que les cépages détruits produisaient auparavant.
Ainsi, le phylloxéra représente la plus grande crise qu’a pu connaître le vignoble gaillacois mais aussi plus généralement la France et l’Europe en faisant quasiment disparaître la vigne. Mais la résistance s’est organisée peu à peu grâce au greffage sur des souches résistantes au phylloxéra et, en trente ans, le vignoble a été complètement restructuré avec cependant une perte d’un point de vue qualitatif.
Mais les vignerons vont aussi devoir faire face à deux maladies fongiques, l’oïdium, et le mildiou qui est un champignon parasite provenant des États-Unis. Le mildiou apparaît dès la sortie des bourgeons (le débourrement) et se développe sur tous les organes herbacés de la vigne et plus particulièrement ceux en voie de croissance car ils sont riches en eau. Les symptômes de la maladie sont le jaunissement de la feuille sur la face supérieure appelée « tâche d’huile » et un feutrage blanchâtre sur la partie inférieure de la feuille.
Tous ces symptômes ont pour effet de grandes pertes de récoltes et donc de rendement.
Cette maladie est l’une des principales responsables des grandes famines de 1845 à 1849 en Irlande. Elle a été introduite en Europe au milieu du XIXe siècle et elle apparaît dans le Sud-Ouest de la France en 1878. Jusqu’en 1892, les dégâts occasionnés furent relativement peu importants. Ce n’est qu’en 1893 que les dégâts causés par le mildiou eurent l’ampleur d’une catastrophe nationale avec 50 % de la récolte anéantie. Malgré les recommandations officielles pour lutter contre la maladie, il faudra attendre 1886, soit huit ans après le début de l’apparition de la maladie, pour que Millardet et Gayon mettent au point la bouillie bordelaise, qui est un mélange d’eau, de sulfate de cuivre et de chaux, afin de prévenir contre le mildiou. Il faudra évidemment attendre sa reconnaissance afin d’être largement utilisée et ainsi stopper, temporairement, la maladie.