La situation du monde rural à la veille de 1939 est difficile, avec le climat de tensions permanent dû à la guerre : la main d’œuvre est réquisitionnée sur les fronts, occupation allemande à partir de juin 1940. À cela réagit le Maréchal Pétain qui promeut un ‘’ retour à la terre ‘’ pour l’ensemble du monde agricole et paysan en déclarant :

« La France redeviendra ce qu’elle n’aurait jamais dû cesser d’être, une nation essentiellement agricole. » (Discours de Pétain à Tulle, le 20 avril 1941)

Pétain lance donc une restauration paysanne avec la création d’une corporation paysanne qui fédère les organismes agricoles, les mutualités, elle fait cohabiter les propriétaires avec les salariés agricoles et les artisans locaux. L’objectif principal étant d’adapter la production viticole au contexte de la guerre qui voudrait privilégier une exploitation de légume pour le ravitaillement plutôt que la vigne. Les mesures de taxation mises en place par Pétain en 1940 font que ce n’est plus le CNAO qui dirige les appellations d’origine, mais l’État. Apparaît à cela une hausse des fraudes sur le vin qui nécessite un durcissement de la réglementation et une sévérité des contrôles.

En Conséquence, l’autorité du CNAO s’affaiblit sous le Régime de Vichy. Porteur de protection et d’authenticité au moment de sa création, la CNAO est désormais supervisée par l’État qui vote des lois pour fixer les conditions d’étiquetage et l’utilisation d’engrais.